Non è però possibile parlare di cognomi in senso moderno almeno sino a quando la nascita e l'affermazione di istituzioni e procedure amministrative non hanno comportato e sancito per legge l'obbligo dell'immutabilità del cognome.
La questione storica sui cognomi è dunque complessa soprattutto in ragione del fatto che è necessario distinguere le regioni una dall'altra, la città dal mondo rurale e i vari strati sociali.
La storia dei cognomi resta quindi oggetto di indagine solo per archi di tempo limitati e per gruppi sociali ristretti e ben identificati.
Bisogna in ogni caso tenere presente che una volta che questi cognomi si fissarono una delle caratteristiche fondamentali fu la loro instabilità: una delle prove di questo è il fatto che in qualsiasi lista ordinata alfabeticamente si segue la lettera del nome e non del cognome, che dunque appare essere un accessorio del nome o comunque un qualche cosa di secondario.

La prima condizione perché il cognome diventi una denominazione individuale e quindi un vero e proprio cognome personale è che cessi di avere un significato. Questo era più difficile per quei cognomi formati da un nome di professione, mestiere, o da un soprannome aggiunto al nome di persona che passava dal padre al figlio che pure non esercitava più quel mestiere, o a cui non poteva più riferirsi il soprannome.

Il sistema onomastico di denominazione delle persone utilizza il modello latino tardo e cristiano che privilegia il nome individuale utilizzando sia gli antichi cognomina, sia nomi nuovi, in particolare nomi di mestiere e attributi fisici o morali della persona. A questi si aggiungono, a partire dall'epoca barbarica, due filoni di tradizione onomastica: gli agionimi, cristiani o biblici, e i nomi di origine germanica.

Principale problema della ricerca è dunque quello dell'origine dell'uso stabile nella denominazione del cognome, e della sua formazione.
Le componenti onomastiche che confluiscono nei cognomi sono essenzialmente tre: il patronimico (o più raramente il matronimico), il toponimo che indica la residenza anagrafica e il soprannome. L'evoluzione è avvenuta in un lungo periodo di tempo e con modalità piuttosto diverse a seconda dell'ambiente sociale.
Il cognome concorre ad identificare un individuo dal punto di vista sociale, familiare e geografico ed è al medesimo tempo l'elemento che assimila e quello che distingue.

In Italia per condurre una ricerca su questo tema si parte da una serie di studi: fondamentale quello di Gaudenzi (Sulla storia dell'origine del cognome a Bologna nel XIII secolo, in Bullettino dell'Istituto storico italiano", 19, 1898), purtroppo vecchio d'un secolo. Importante nel panorama moderno è l'articolo di P. Toubert, Du nom de personne au nom de famille, in "Le structures du Latium médiéval. Le Latium méridional et la Sabine du XI à la fin du XII siècle", Roma, 1973.

Il XII secolo è il momento in cui la famiglia si consolida e affina le sue strutture e il suo ruolo nel tessuto sociale per cui si rivela inadeguato un sistema di denominazione fondato solo sul nome individuale. I notai in particolare, preoccupati nella redazione dei documenti, di evitare ogni possibile confusione sulla identità delle persone chiamate in causa, tendono a moltiplicare i riferimenti alla discendenza paterna.
Naturalmente questo non vale dappertutto: nel catasto fiorentino del 1427, analizzato da D. Herlihy - Ch. Klapisch-Zuber (Les Toscans et leurs familles. Une étude du catasto florentin de 1427, Paris, 1978), si vede come due o trecento anni dopo la generalizzazione del sistema a due elementi: il cognome non è ereditario per la maggior parte della popolazione e la denominazione con il solo nome di battesimo sopravvive a lungo nelle campagne.
Nonostante questo caso, fermare l'inchiesta al XIII secolo trova una certa giustificazione nell'omogeneità documentaria che caratterizza il periodo: è un punto di partenza rassicurante poiché a partire dall'XI secolo esisterebbe una situazione relativamente stabile caratterizzata ancora dall'uso di un unico nome che gradualmente inizia a modificarsi, le varianti e le eccezioni a questa situazione non turbano la visione d'insieme.

Come nasce il cognome? La storia è più o meno uniforme e può fare testo quella italiana. In tempi arcaici era presente il solo nome, ma già negli ultimi secoli della Repubblica, presso i romani era invalso l'uso dei tre nomi, tria nomina: Marco Fulvio Nobiliore, ad esempio, dove Marco è il preanomen, nome individuale, Fulvio è il nome, nomen, della gens d'appartenenza, in questo caso la gens Fulvia, e Nobiliore è il cognomen, all'origine per lo più soprannome per distinguere le varie omonomie. In qualche caso, si aggiungeva anche un quarto nome, o nuovo cognome, agnomen, per diversificare ancor meglio una persona dall'altra. Naturalmente, c'era tra i nobili chi aggiungeva a proprio piacimento altri nomi-cognomi, costituendo a volte liste lunghissime.

Attorno al V secolo il sistema si semplifica. Si riduce la distinzione fra nomen e cognomen, e si affacciano i supernomia o signa: nomi unici, non ereditati, dal significato chiaro, immediatamente comprensibile: Costantius ecc. Caduto l'Impero, si torna ad un nome solo, con vezzeggiativo nell'ambito familiare, accompagnato da qualcosa che allude alle caratteristiche della persona o al luogo di provenienza o alla paternità.

Con l'avvento del cristianesimo, sopraggiungono nuovi nomi ad aggiungersi a quelli pagani, con le invasioni barbariche altri ancora e la scelta è piuttosto vasta, non è difficile trovare il modo per distinguere un Deogratias da un Adelpertus. È nel secolo XI che la possibilità di formare combinazioni incomincia a scarseggiare: la popolazione cresce e i nomi che girano incominciano a ripetersi, diventa sempre più difficile distinguere un individuo da un altro. Incomincia a consolidarsi in Europa il sistema dei cognomi.

In Italia, i cognomi sono prima appannaggio delle famiglie ricche, ma nel 1200 a Venezia e nel secolo seguente in altre aree, anche se con qualche resistenza e ritardo, l'uso si estende agli strati meno abbienti della popolazione. Però, è solo con il Concilio di Trento, 1564, che si fa obbligo ai parroci di tenere un registro ordinato dei battesimi con nome e cognome, per evitare matrimoni tra consanguinei. Il soprannome, o secondo nome, diventa ereditario. Dovunque? Qualcuno dice che fino a poco più di un secolo fa, c'erano ancora famiglie, in luoghi sperduti, che non avevano cognome "codificato".

Da dove deriva un cognome, l'abbiamo detto: nomi di persona, vezzeggiativi, soprannomi, situazioni, nazionalità, provenienza, mestieri.